公司合同中规定半年内离职扣工资是不合法的。根据劳动合同法的规定，劳动者承担违约金的情形仅限于违反服务期约定和违反竞业限制约定两种情况，除此之外，不能约定劳动者承担违约金。此外，用人单位无正当理由扣工资属于违法行为，且合同期内离职扣工资不属于合法行为。因此，公司在劳动合同中直接约定劳动者需承担一个月工资的赔偿金，本质上属于违约金条款，但这种做法是不合法的。